Pengadilan Agama Natuna secara definitive didirikan berdasarkan Keputusan Presiden Republik Indonesia Nomor : 145 Tahun 1998 tentang Pembentukan PA Natuna, Tulang Bawang, Tanggamus, Cikarang, Kejaen, Giri Menang, Ermera, Manatuto, Sentani, Mimika dan Painai.
 
Peresmian Pengadilan Agama Natuna dilaksanakan pada hari Rabu tanggal 24 Maret 1999 oleh Ketua Pengadilan Tinggi Agama Pekanbaru, Drs. HABIBURRAHMAN, M.Hum, sehingga dengan peresmian tersebut secara de jure, eksestensinya sudah diakui, namun pelaksanaan/operasionalnya baru dimulai secara efektif pada tanggal 1 juni 1999, sehingga pada maret 2000 pelaksanaan/operasional Pengadilan Agama Natuna baru berjalan 10 (sepuluh) bulan, pada mulanya perkara diterima sebanyak 51 perkara terdiri dari 33 cerai gugat, 16 cerai talak, 1 harta bersama dan 1 izin poligami, perkara tersebut ada yang disidangkan melalui sidang keliling dan ada pula melalui sidang di Pengadilan Agama Natuna.
 
Wilayah hukum Pengadilan Agama Natuna adalah semula merupakan wilayah hukum Pengadilan Agama Tarempa yang meliputi 6 (enam) kecamatan, yaitu Kecamatan Serasan, Midai, Bunguran Timur, Bunguran Barat, Siantan dan Letung, namun dari 6 (enam) kecamatan tersebut, 2 (dua) kecamatan masih menjadi yurisdiksi Pengadilan Agama Tarempa yaitu Kecamatan Siantan di Tarempa, dan Jemaja di Letung.
 
Berdirinya Pengadilan Agama Natuna sejalan dengan terbentuknya Kabupaten Natuna pada tahun 1999, wilayah Natuna yang pada saat belum terbentuknya Natuna merupakan bagian dari wilayah hukum Pengadilan Agama Tarempa, akan tetapi melihat faktor geografis dan jumlah penduduk yang ada di Kabupaten Natuna khususnya kepulauan Bunguran Besar (Kecamatan Bunguran Timur) dan kepulauan Bunguran kecil (Kecamatan Bunguran Barat) serta keadaan geografis menjadi faktor yang sangat mendukung untuk terbentuknya Pengadilan Agama sendiri, yang sekarang dikenal dengan nama Pengadilan Agama Natuna yang berpusat di Ranai, yang pada awalnya memiliki 4 kecamatan, yaitu Bunguran Timur, Bunguran Barat, Midai dan Serasan, namun saat ini telah terjadi pemekaran menjadi 12 (dua belas) kecamatan terdiri dari :
  • Kecamatan Bunguran Barat
  • Kecamatan Bunguran Timur
  • Kecamatan Bunguran Timur Laut
  • Kecamatan Bunguran Tengah
  • Kecamatan Bunguran Selatan
  • Kecamatan Pulau Tiga
  • Kecamatan Serasan
  • Kecamatan Serasan Timur
  • Kecamatan Midai
  • Kecamatan Pulau Laut
  • Kecamatan Bunguran Utara dan
  • Kecamatan Subi

Pada mula berdirinya Pengadilan Agama Natuna terdapat 6 (enam) personil, terdiri dari 1 (satu) orang Wakil Ketua, Drs. Firdaus HM, SH, TMT 06 Maret 1999, 3 (tiga) orang Hakim, masing-masing Drs. Supangat. Drs. Ahmad Sayuti dan Drs. Mhd. Dongan, dan 2 (dua) orang pejabat masing-masing yaitu Panitera/ Sekretaris, Umar Ali, BA TMT. 30-01-1999 sampai sekarang, dan Wakil Sekretaris, Drs. Fair Juli Purnama (almarhum)TMT. 27-03-1999, Ketua pertama Pengadilan Agama Pertama adalah Drs. H. FIRDAUS, HM, SH (06 Pebruari 1999 – 01 Juni 2004)

Pada saat berdirinya Pengadilan Agama Natuna tahun 1999 berkantor di Jl. Hang Tuah Nomor 93 Kelurahan Ranai Darat (eks tempat sidang keliling PA Tarempa), dimana tanah perkantoran tersebut sebelumnya diperoleh secara hibah dari pemilik bernama Ibu URAI MARYATI, kemudian dengan adanya tanah tersebut, oleh Pemerintah Kabupaten Natuna telah memberikan bantuan pengadaan gedung balai sidang (sekarang ditempati sebagai rumah dinas Ketua dan Wakil Ketua), dari tahun 1999 s/d 2002 balai sidang ini ditempati menjalankan roda pemerintahan organisasi Pengadilan Agama Natuna sejak 1999 s/d 2002, selanjutnya Pengadilan Agama Natuna mendapat pengadaan tanah dan gedung dari Departemen Agama yang dibangun pada tahun 2001 terletak di Jl.H.R. Soebrantas No. 127 Kelurahan Ranai Darat, sehingga perkantoran berpindah di gedung baru tersebut yang sampai saat masih ditempati sebagai Kantor Pengadilan Agama Natuna menjelang dibangunkannya gedung yang refresentatif di tanah lokasi perkantoran Bukit Arai (depan kantor Bupati Kabupaten Natuna).

1. Letak geografis

Pengadilan Agama terletak di Ranai, Kabupaten Natuna secara astromis Kota Ranai terletak di - 1, 16’ – 7, 19’ Lintang Utara (LU) dan – 1 , 5’, 00 – 11 .00’ Bujur Timur (BT).

Secara geografis (alam : Laut, selat, samudera, sungai ) atau secara administratif (kewilayahan) Kabupaten Natuna berbatasan sebagai berikut :

  • Sebelah Barat : dengan Semenanjung Malaysia dan Kabupaten Bintan
  • Sebelah Utara : dengan Vietnam dan Kamboja
  • Sebelah Timur : dengan Malaysia Timur dan Kalimantan Barat

Sebelah Selatan : dengan Kabupaten Bintan

2. Gedung Kantor

Pengadilan Agama Natuna pertama kali berkantor di eks Balai Sidang Pengadilan Agama Tarempa di atas tanah seluas 462 m2 dan bangunan seluas 150 m2 terletak di Jl. Hang Tuah No. 93 Kelurahan Ranai Darat (sekarang sebagai rumah dinas Ketua dan Wakil Ketua).

Namun pada tahun 2001 kantor Pengadilan Agama Natuna pindah kantor dengan menempati bangunan seluas 200 m2 dan luas untuk sarana 666 m2 di atas tanah seluas 2.430 m2 yang telah dipagar sekeliling kantor melalui dana DIPA, terletak di Jl. H.R. Soebrantas No. 127 Kelurahan Ranai darat, yang terdiri dari 1 lantai, 1 ruang sidang dan 8 unit ruang untuk pejabat dan pegawai, 3 unit kamar mandi/ toilet serta 1 unit gudang.

Di samping tanah kantor tersebut, Pengadilan Agama natuna juga telah memperoleh pengadaan tanah melalui DIPA Pengadilan Agama Natuna 2007 dengan tanah seluas 1.000 m2 terletak di Jl. Agus Salim, Puak, namun saat belum dikabulkan pengadaan rumah dinas Ketua tersebut, meskipun setiap tahun diajukan dalam LKA-KR. Saat ini bangunan kantor tersebut telah bertambah luasnya khususnya ruang sidang sehingga bangunanya ditambah sekitar 2 m2 Penambahan tersebut dialokasikan dari dana pemeliharaan tahun 2007 karena perluasan ruang sidang merupakan kebutuhan yang tidak terelakkan.

3. Tanah Kantor

Kantor Pengadilan Agama saat ini didirikan melalui pengadaan pada DIPA Pengadilan Agama Natuna pada tahun 2001 dengan tanah seluas m2 .

Pada tahun 2010, Pengadilan Agama Natuna mendapat hibah dari Pemda Kabupaten Natuna seluas 10.500 m2 yang terletak di Bukit Arai, Kelurahan Sungai Hulu Natuna berpapasan dengan Kantor Bupati Natuna (sekitar 6 km dari lokasi gedung PA sekarang) serta berdampingan dengan lokasi Kantor Pengadilan Negeri Ranai . Namun saat ini tanah tersebut belum dimanfaatkan sesuai dengan sasaran dan harapan masyarakat Natuna, karena baru pada bulan juni tahun 2010 diusulkan permohonan pengadaan gedungnya melalui Pengadilan Tinggi Agama Pekanbaru untuk diteruskan Ke Mahkamah Agung, mari kita berdoa semua semoga pada tahun 2011 sudah dapat terealisasi dalam DIPA, sehingga dapat dididirikan gedungnya sesuai dengan harapan pemerintah dan masyarakat Natuna.

4. Personil

Pada saat Pengadilan Agama Natuna berdiri, pegawai yang ditempatkan di Pengadilan Agama Natuna sebanyak 6 personil terdiri dari 4 personil Hakim dan 2 personil pejabat, dibawah kepemimpinan Wakil Ketua bernama Drs. H. FIRDAUS HM, SH bertugas sejak 06 Maret 1999 kemudian menjadi Ketua Pertama definitif TMT tanggal 19 Pebruari 1999 s/d 01 Juni 2004, kemudian disusul Ketua Kedua bernama Drs. H.M. YUNUS RASYID, SH bertugas sejak 01 juni 2004 s/d 22 juli 2008, selanjutnya disusul Ketua Ketiga yaitu : Drs. H. M. ZAKARIA, MH bertugas sejak 22 Juli 2008 s/d sekarang . Kondisi perjalanan SDM mengalami pasang surut sebagai akibat adanya promosi dan mutasi baik yang masuk maupun yang keluar, maka jumlah pegawai dan hakim terjadi pasang surut, sehingga pada Juli 2010 pegawai dan hakim seluruhnya berjumlah sebanyak 17 personil, dengan rincian Pegawai 9 personil, Hakim 8 personil, dibantu dengan 12 (dua belas) personil Tenaga Kontrak.

5. Sarana dan Prasarana

Sarana dan prasarana yang sampai saat ini antara lain :

  1. 1 unit bangunan kantor
  2. 3 bidang tanah untuk kantor dan 1 bidang tanah untuk rumah dinas Ketua
  3. 2 unit kendaraan roda empat
  4. 4 unit kendaraan roda 2
  5. 1 buah website dan perangkat wireless outdoor dan indoor
  6. Sarana penunjang lainnya seperti telpon, fax, meubelair, Air Phone, Komputer, dsbnya.

6. Transportasi

Saat ini untuk mencapai wilayah Natuna, ada 2 jenis transportasi yang bisa digunakan yaitu transportasi laut dan udara